Biotekselskabet har specialiseret sig i vacciner mod cancer og infektionssygdomme, herunder kopper og HIV. Kerneproduktet er koppevaccinen Imvamune og i 2007 tildelte det amerikanske sundhedsministerium en eksklusiv 5-årig kontrakt (RFP-3) til Bavarian Nordic på levering af 20 millioner doser af netop Imvamune. Kontrakten indeholder en option, som det amerikanske sundhedsministerium kan vælge at udnytte i forlængelse af basisdelen. Optionsdelen omfatter blandt andet en levering af yderligere 60 millioner doser af Imvamune, samt yderligere kliniske studier med henblik på registrering af vaccinen til brug i HIV-smittede samt børn og ældre. Optionsdelen har en samlet værdi af 1,1 mia. dollar.

Yderligere har prostatacancer-vaccinen Prostvac nået igennem test fase II, og i marts 2010 blev det meddelt, at selskabet i store træk er blevet enige om udformningen af fase III-studiet for Prostvac. Bavarian forsøgte i løbet af 2010 at finde en partner til fase III-forsøg af Prostvac. I marts 2011 smed selskabet håndklædet i ringen og indikerede muligheden for en aktieemission. Aktien styrtdykkede på meddelelsen. Prostvac er på vej ind i fase III-studier og har muligheden for at afslutte fase III-studierne i 2014 ifølge analytikere.

En stor del af selskabets pipeline er fortsat i sine tidlige eller prækliniske faser. Virksomheden har aktiviteter i Danmark, Tyskland, USA og Singapore.